国家农畜加工食品质量检验检测中心设在本院，是根据国家质量监督检验检疫总局国质检科〔2005〕240号要求，在原青海省产品质量监督检验所基础上筹建，受国家质量监督检验检疫总局和青海省市场监督管理局的领导。农畜加工食品中心财务独立，在银行设有独立的帐户和帐号，目前拥有主要仪器设备470台（件），原值1.09亿元，包括自动化微生物基因分型鉴定系统、三通道离子色谱仪、三重串联四级杆质谱联用仪、超高效合相色谱仪、超高相液相色谱-质谱仪、二、三重四级杆电感耦合等离子体质谱仪、凝胶渗透色谱-气相色谱-四级杆质谱仪、液质联用仪、稳定性气体同位素质谱仪、四级杆串联飞行时间质谱等大型仪器；检验室面积9691平方米；现有检验检测人员64人，其中具有高中级以上专业技术职务的技术人员占40.6%。